| PAM 250 Matrix |
| A | R | N | D | C | Q | E | G | H | I | L | K | M | F | P | S | T | W | Y | V | B | Z | X | |
| A | 2 | ||||||||||||||||||||||
| R | -2 | 6 | |||||||||||||||||||||
| N | 0 | 0 | 2 | ||||||||||||||||||||
| D | 0 | -1 | 2 | 4 | |||||||||||||||||||
| C | -2 | -4 | -4 | -5 | 12 | ||||||||||||||||||
| Q | 0 | 1 | 1 | 2 | -5 | 4 | |||||||||||||||||
| E | 0 | -1 | 1 | 3 | -5 | 2 | 4 | ||||||||||||||||
| G | 1 | -3 | 0 | 1 | -3 | -1 | 0 | 5 | |||||||||||||||
| H | -1 | 2 | 2 | 1 | -3 | 3 | 1 | -2 | 6 | ||||||||||||||
| I | -1 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -3 | -2 | 5 | |||||||||||||
| L | -2 | -3 | -3 | -4 | -6 | -2 | -3 | -4 | -2 | 2 | 6 | ||||||||||||
| K | -1 | 3 | 1 | 0 | -5 | 1 | 0 | -2 | 0 | -2 | -3 | 5 | |||||||||||
| M | -1 | 0 | -2 | -3 | -5 | -1 | -2 | -3 | -2 | 2 | 4 | 0 | 6 | ||||||||||
| F | -4 | -4 | -4 | -6 | -4 | -5 | -5 | -5 | -2 | 1 | 2 | -5 | 0 | 9 | |||||||||
| P | 1 | 0 | -1 | -1 | -3 | 0 | -1 | -1 | 0 | -2 | -3 | -1 | -2 | -5 | 6 | ||||||||
| S | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | -1 | 0 | 1 | -1 | -1 | -3 | 0 | -2 | -3 | 1 | 2 | |||||||
| T | 1 | -1 | 0 | 0 | -2 | -1 | 0 | 0 | -1 | 0 | -2 | 0 | -1 | -3 | 0 | 1 | 3 | ||||||
| W | -6 | 2 | -4 | -7 | -8 | -5 | -7 | -7 | -3 | -5 | -2 | -3 | -4 | 0 | -6 | -2 | -5 | 17 | |||||
| Y | -3 | -4 | -2 | -4 | 0 | -4 | -4 | -5 | 0 | -1 | -1 | -4 | -2 | 7 | -5 | -3 | -3 | 0 | 10 | ||||
| V | 0 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -2 | -1 | -2 | 4 | 2 | -2 | 2 | -1 | -1 | -1 | 0 | -6 | -2 | 4 | |||
| B | 0 | -1 | 2 | 3 | -4 | 1 | 2 | 0 | 1 | -2 | -3 | 1 | -2 | -5 | -1 | 0 | 0 | -5 | -3 | -2 | 2 | ||
| Z | 0 | 0 | 1 | 3 | -5 | 3 | 3 | -1 | 2 | -2 | -3 | 0 | -2 | -5 | 0 | 0 | -1 | -6 | -4 | -2 | 2 | 3 | |
| X | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |